鄂爾多斯市衛生學校始建于1959年，是自治區唯一一所使用蒙漢兩種語言文字授課的衛生職業院校，建校50多年來培養出各類醫療技術人才2萬余名，其中2003年開展留學生教育以來，為蒙古國培養蒙醫藥人才200余名。2009年經自治區人民政府批準成為內蒙古醫學院鄂爾多斯分院，2010年開始舉辦普通專科學歷教育，2012年更名為內蒙古醫科大學鄂爾多斯學院，實行一校兩牌的運行模式。
2015年4月，教育部批準內蒙古大學鄂爾多斯學院、內蒙古工業大學礦業學院、內蒙古醫科大學鄂爾多學院組建鄂爾多斯應用技術學院，鄂爾多斯應用技術學院醫學院現有本科在校生288人，2018年本科招生專業有護理學、眼視光學、醫學檢驗技術和醫學影像技術，2017年新增專科專業有護理、醫學影像技術和康復治療技術，今后將逐年新增醫學類本科專業。
鄂爾多斯市衛生學校占地面積333畝，校舍建筑總面積9.93萬平方米。現有教職工223名，專任教師194名，其中高級職稱教師56名，博士研究生1名，研究生學歷教師51名，雙師型教師94名。學校現有全日制在校生3404人。學校實踐教學條件良好，擁有15600平方米的實驗實訓中心，設備齊全、儀器先進，能夠滿足各專業的校內實踐教學需求。學校現有直屬全科附屬醫院1所(設床位280張)，有教學醫院5所、實習基地55個。
鄂爾多斯市衛生學校現開設高中起點三年制專科有臨床醫學、護理、蒙醫學、眼視光技術、醫藥營銷、醫學檢驗技術等6個專業；開設的初中起點五年制專科專業有護理、醫學影像技術、醫學檢驗技術；初中起點三年制中專有護理、蒙醫醫療與蒙藥、農村醫學、醫學影像技術、醫學檢驗技術、藥劑、助產等8個專業。學院擁有中央財政支持的重點建設專業3個，中央財政支持的緊缺人才實訓基地1個，自治區級精品專業1個，自治區骨干專業2個，自治區基礎能力建設實訓基地1個。近幾年護士執業資格考試過關率呈逐年上升趨勢，平均過關率達85%以上，遠高于全國平均水平。近五年來畢業生就業率始終保持在85%以上，其中護理專業就業率達95%以上，學院獲得內蒙古醫科大學2013年就業工作目標管理考核就業率單項獎。近年來，學校先后獲得了國家級“重點中等職業學校”、國家級“職業教育德育工作實驗基地”、“國家中等職業教育改革發展示范學校”、“全國教育系統先進單位”、“自治區中等職業教育德育工作先進集體”、“鄂爾多斯市職業教育先進集體”等殊榮，得到了社會的一致贊譽。
在管理模式上，學校實行全日制、公寓化、封閉式管理，注重將“嚴字當頭”的管理理念與學生的實際相結合，在中專、專科、本科和留學生的教育管理上形成了差異化的規范管理制度。注重學生良好行為規范的養成教育，發揮醫護文化的獨特育人作用。學校堅持“育人為本，德育為先”的辦學理念，堅持“每個學生都是才，每個學生都能成才”的教育信念，堅持 “對社會負責、對家長負責、對學生負責”的辦學宗旨；以學生發展為本，一切為了學生，為了一切學生，重視良好育人環境的構建，盡最大的努力辦成社會滿意、家長放心的學院。