新疆巴音郭楞蒙古自治州衛生學校現開設有護理、助產、衛生保健、藥劑、醫學檢驗技術、醫學影像技術、中西醫結合、中醫針灸推拿、眼視光技術等9個專業。學校現設有護理、臨床、語言等9個教研組。建有護理示教室、護理技術綜合訓練室、ICU模擬病房、婦幼愛嬰模擬病房、醫學綜合訓練室等專業實驗室42間。有護理、助產、衛生保健、藥劑等9個中職醫學專業，建立了34個穩定的校外實訓基地。新疆巴音郭楞蒙古自治州衛生學校是巴州地區唯一的一所全日制普通中等醫學職業學校，位于庫爾勒市交通西路，始創于1958年，后停辦，1975年恢復建校。
新疆巴音郭楞蒙古自治州衛生學校實行黨委領導下的校長負責制，下設職能科室有：辦公室、教務科、學生科、總務科、保衛科、政教科、教學研究督導室、招生與就業指導辦公室、實驗中心，還設有團委、工會、勤儉辦。現有在職教職工122名，其中少數民族44人（蒙古族11人、維吾爾族29人、土家族1人、滿族1人、回族1人、烏孜別克族1人）；在職教師中專任教師69人，全日制在校生3642名，其中民族學生比例為52.5%。
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